Ordynacja podatkowa nie reguluje kwestii odpowiedzialności organów podatkowych za wyrządzone podatnikom szkody, np. za wydanie błędnej decyzji, w wyniku której podatnik stracił firmę. W tym zakresie przepisy podatkowe ograniczają się do odesłania do norm prawa cywilnego. Dochodzić można odszkodowania zarówno w zakresie szkody rzeczywistej (damnum emergens) jak też korzyści utraconej (lucrum cesans). Proces odszkodowawczy dotyczyć może zarówno organu podatkowego jako takiego, jak również konkretnego urzędnika. Sprawa o odszkodowanie toczy się przed sądem powszechnym na zasadach procesu cywilnego (nie administracyjnego), a po stronie podatnika leży ciężar udowodnienia związku przyczynowego pomiędzy działaniem organu (urzędnika), a poniesioną szkodą.