W większości umów o unikaniu podwójnego opodatkowania w definicji „należności licencyjnych” nie wymieniono oprogramowania komputerowego, co oznacza, że licencja na takie oprogramowanie nie jest „licencją” w rozumieniu umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania, lecz zwykłym (niekwalifikowanym) dochodem z działalności gospodarczej licencjodawcy. Taki stan rzeczy pociąga za sobą bardzo konkretne konsekwencje w tzw. podatku u źródła, gdyż należność licencyjna (w rozumieniu umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania) podlega zazwyczaj częściowemu opodatkowaniu w państwie, na którego terenie siedzibę posiada podmiot wypłacający taką należność, a odpowiedzialnym za pobranie tego podatku i wpłacenie do US jest właśnie firma wypłacająca. Natomiast wypłacanie zwyczajnych dochodów z działalności gospodarczej nie wiąże się zazwyczaj z takim obowiązkiem. Innymi słowy, polska firma wypłacająca należność za program komputerowy, do którego licencji udzielił podmiot zagraniczny, nie musi (w większości przypadków) potrącać kontrahentowi podatku u źródła i odprowadzać go do polskiego US. W przypadku, gdy płatność przepływa w drugą stronę, polski licencjodawca może oczekiwać, że zagraniczny nabywca jego licencji na program komputerowy wypłaci należność w całości, bez potrącenia podatku u źródła w państwie swojej siedziby.
Kilka lat temu MF próbowało forsować tezę, jakoby program komputerowy zawsze był objęty definicją „licencji”, nawet jeśli konkretna umowa o unikaniu podwójnego opodatkowania nie stanowi o tym wprost. Zasadniczy argument brzmiał: program komputerowy mieści się w pojęciu „utwór literacki”, co wywodzono z objęcia go ustawową ochroną taką, z jakiej korzystają te ostatnie. W prasie fachowej przetoczyła się wówczas fala dyskusji i trzeba przyznać, że tezę MF popierali także niektórzy doradcy podatkowi (ze względu na wykładnię systemową i celowościową). Spór został ostatecznie przecięty przez jednoznaczne orzecznictwo sądów administracyjnych (por. np. orzeczenie III SA/Wa 3483/06, które miałem przyjemność osobiście prowadzić), opowiadające się za prymatem wykładni literalnej – skoro programy komputerowe nie są wymienione w określonej umowie jako licencje, to znaczy, że licencjami nie są (w rozumieniu tej umowy), a skoro w niektórych umowach zostały wprost wymienione, to znaczy, ze są licencjami w rozumieniu właśnie tych umów. Natomiast z faktu objęcia programów komputerowych ochroną taką z jakiej korzystają utwory literackie nie można wyciągnąć logicznego wniosku, jakoby oprogramowanie komputerowe było utworem literackim – takiego wniosku nie da się wywieść ani z przepisów, ani tym bardziej z wykładni literalnej potocznej. Ostatnio fiskus postanowił sprawdzić, czy sądy przypadkiem nie zmieniły w tej kwestii zdania. Nie zmieniły – wyrokiem z dnia 23 lipca 2013 roku, WSA w Warszawie (III SA/Wa 3448/12) uchylił interpretację MF i ponownie potwierdził, że program komputerowy nie jest utworem literackim ze wszystkimi tego konsekwencjami.