Istnieją dwa wyjątki od zasady generalnej, zgodnie z którą odliczenie podatku naliczonego przysługuje pod warunkiem istnienia celowego związku pomiędzy dokonywanymi zakupami a opodatkowaną dostawą towarów lub świadczeniem usług. Pierwszy to sprzedaż towarów lub świadczenie usług poza terytorium RP – taka sprzedaż w ogóle nie podlega polskiemu podatkowi VAT, a mimo to, podatnik ma prawo do odliczenia (otrzymania zwrotu tego podatku do US), o ile tylko taka sprzedaż podlegałaby VAT, gdyby odbywała się w Polsce; podatnik jest jednak zobowiązany posiadać dokumentację, z której wynika ścisły związek wydatków, od których chce odliczyć VAT ze sprzedażą dokonywaną poza terytorium RP. W tym miejscu warto zauważyć, że w/w sytuacja może mieć miejsce także wówczas, gdy czynności podatnika są dokonywane w PL. Dzieje się tak zwłaszcza w przypadku świadczenia usług, dla których nabywcą jest podatnik VAT (ale nie polskiego VAT) mający siedzibę lub miejsce zamieszkania poza PL – przepisy VAT przyjmują bowiem wówczas fikcję prawną uznającą, iż miejscem świadczenie usługi jest kraj siedziby usługobiorcy (nawet jeśli 100% czynności wykonanych zostało w PL).
Drugim przypadkiem, gdy podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego (ew. zwrotu podatku na rachunek bankowy) pomimo braku celowego związku dokonywanych zakupów z wykonywaniem czynności opodatkowanych jest sytuacja nieodpłatnego przekazywania produktów spożywczych na rzecz organizacji pożytku publicznego z przeznaczeniem na działalność charytatywną. Takie przekazanie podlega bowiem zwolnieniu z VAT (a więc nie jest opodatkowane), a mimo to, podatnik ma prawo odliczyć VAT od zakupów z nim związanych.