Zasadą główną jest, że koszty postępowania podatkowego obciążają organ podatkowy. Na żądanie zainteresowanego, organ podatkowy zobowiązany jest zwrócić koszty podróży, a także inne należności świadków, biegłych i tłumaczy przewidziane w przepisach regulujących koszty sądowe w sprawach cywilnych. Uprawnienie to dotyczy także podatnika (strony), z wyjątkiem przypadków, gdy postępowanie toczy się na jego wniosek.
Żądanie zwrotu kosztów musi być zgłoszone organowi podatkowemu przed wydaniem decyzji w sprawie. O kosztach postępowania organ podatkowy rozstrzyga w drodze postanowienia, na które przysługuje zażalenie.