W wyroku z dnia 27.11.2013 roku (sygn. akt I SA/Gd 767/13), WSA w Gdańsku oddalił skargę podatników (małżonków), których zdaniem podstawa opodatkowania VAT sprzedaży gruntu mogła nie obejmować wartości wzniesionych na niej budynków mieszkalnych z tego powodu, że grunt stanowił współwłasność małżeńską, podczas gdy budynki wybudowała Spółka. Sąd zauważył, że „Spółka wybudowała na cudzym gruncie zespół 8 budynków mieszkalnych i przysługiwało jej wobec właściciela roszczenie o zwrot wartości poczynionych nakładów. Tym samym, dostawy gruntów wraz z posadowionymi na nich budynkami mogło dokonać wyłącznie małżeństwo jako właściciele gruntów. Oznacza to, że na podstawę opodatkowania z tytułu dokonanej sprzedaży składać się powinna wartość gruntu oraz wartość nakładów w postaci budynków, które łącznie powinny być uwidocznione na fakturze VAT.”
Organy podatkowe i sądy administracyjne mają w sprawach podatkowych dość luźne podejście do przepisów Kodeksu Cywilnego. Bardzo często podkreśla się w doktrynie, że prawo podatkowe jest autonomiczną gałęzią prawa, a przepisy innych gałęzi, w tym KC, pełnią co najwyżej funkcje pomocnicze w przypadkach, gdy prawo podatkowe nie daje pełnej odpowiedzi na jakieś zagadnienie. W Ustawie o VAT wprost przewidziano, że podatek nalicza się niezależnie od tego, czy określone czynności zostały dokonane z pełnym poszanowaniem wymogów prawnych. W orzecznictwie często daje się pierwszeństwo ekonomicznej istocie transakcji nad jej formalną konstrukcją prawną. Jednak inaczej jest w przypadku nieruchomości. W ich przypadku skutki podatkowe są konsekwentnie wyciągane ze zdarzeń zaszłych na gruncie prawa cywilnego – jeśli np. do sprzedaży w ogóle nie doszło, bo np. nie zachowano formy aktu notarialnego, to nie będzie również sprzedaży w rozumieniu podatkowym, a więc i skutków podatkowych. Jeśli Spółka sprzedała mieszkania wybudowane na cudzym gruncie, to w istocie nie doszło do sprzedaży, także w sensie podatkowym, gdyż nie można zbyć budynków, których się nie jest właścicielem (należą one do właściciela gruntu); inna rzecz, że można mówić o tzw. „sprzedaży nakładów”, co traktuje się jak usługę.